La Commission est présidée par son Président ou en cas d’empêchement par son Vice-président. Elle se réunit autant de fois que de besoin sur convocation du Président ou de son Vice -Président en cas d’empêchement du Président.

Toutefois, lorsque quatre membres de la Commission le demandent,
le Président est tenu de convoquer la réunion.
En cas d’empêchement du Président, le Vice -Président convoque
la réunion.
La Commission décide par consensus ou à défaut à la majorité de quatre septième (4/7) de ses membres.

Les décisions de la CENI en matière électorale sont des arrêtés qui ont force d’exécution. La CENI planifie, organise et supervise l’exécution de toutes les activités du ressort de son domaine. Les ordres vont du siège de la CENI aux CEPI et des CEPI aux CECI.

Toutefois, la communication s’effectue régulièrement dans les deux sens. Différentes réunions d’échanges et d’information sont régulièrement organisées ; soit au siège de la CENI ou dans les provinces. Les décisions importantes sont prises par les membres de la CENI. Cependant, les Présidents des CEPI ont le droit de prendre des décisions d’ordre pratique liées aux cas particuliers mais qui entrent dans la ligne directrice tracée par la CENI.

En ce qui concerne le budget de la CENI, les ressources de la Commission proviennent des subventions inscrites annuellement au budget de l’Etat, des fonds provenant des bailleurs bilatéraux et multilatéraux, des dons et legs.